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2007年1月26日 星期五

IUPAC命名規則

IUPAC命名規則(Nomenclature)-英
http://www.chem.qmul.ac.uk/iupac/

SMILES

SMILES(Simplified Molecular Input Line Entry Specification),簡化分子線性輸入規範,是一種用ASCII字元串明確描述分子結構的規範。

SMILES由Arthur Weininger和David Weininger於20世紀80年代晚期開發,並由其他人,尤其是日光化學信息系統有限公司(Daylight Chemical Information Systems Inc.),修改和擴展。

由於SMILES用一串字元來描述一個三維化學結構,它必然要將化學結構轉化成一個生成樹,此系統採用縱向優先遍歷樹演算法。轉化時,先要去掉氫,還要把環打開。表示時,被拆掉的鍵端的原子要用數字標記,支鏈寫在小括號里。 SMILES字元串可以被大多數分子編輯軟體導入並轉換成二維圖形或分子的三維模型。轉換成二維圖形可以使用Helson的「結構圖生成演算法」(Structure Diagram Generation algorithms)。

其他著名的線性記法包括Wiswesser Line Notation (WLN),ROSDAL和SLN。最近國際純粹與應用化學聯合會推薦國際化合物標識(InChI)作為標準的分子式表達式。

然而普遍認為,SMILES與InChI相比更具有可讀性;而且很多軟體都支持SMILES,其中不少軟體都具有圖論等方面的理論基礎。

SMARTS是SMILES基礎之上的改進版。
摘自維基百科(http://zh.wikipedia.org/w/index.php?variant=zh-tw)

2007年1月25日 星期四

InChI

InChI(International Chemical Identifer):
IUPAC International Chemical Identifer一種化學結構的唯一識別碼。

ChemSketch

化學結構繪圖軟體
ChemSketch V10,
有免費軟體可供下載。http://www.acdlabs.com/





免費軟體功能:
可以用InChI及SMILES表示式繪圖。
產生化學品IUPAC名稱 --50原子或3個環以上只能在完整版中作
常用模板(DNA,苯...) ,視窗內最多可顯示15個。另外可在網站上下載使用者提供的模板http://www.acdlabs.com/download/download_templates.html
可設定及使用樣式
3D結構式

不具有的功能:
ACD/Dictionary
Search for Structure in different computer files
Restricted Version of ACD/ChemFolder (SDfile Viewer)
ACD/Labs Extension for ChemDraw
ACD/ChemCoder 2D barcode capability
Technical Support
(must be installed separately)
ACD/I-Lab add-on for ACD/Labs Online
Instructions for Authors


按鍵:
spiro鍵接 SHIFT+click (兩個環狀物單點鍵接)
TAB 翻轉模板(template)

測試結果:
  • 用工具列的PDF是會列印所有pages,可是可能會有些資料無法轉出。(出現"影像資料不足"訊息)

  • 從列印功能的PDF則可選擇page。


修改日期:96.01.31