2007年1月26日 星期五

SMILES

SMILES(Simplified Molecular Input Line Entry Specification),簡化分子線性輸入規範,是一種用ASCII字元串明確描述分子結構的規範。

SMILES由Arthur Weininger和David Weininger於20世紀80年代晚期開發,並由其他人,尤其是日光化學信息系統有限公司(Daylight Chemical Information Systems Inc.),修改和擴展。

由於SMILES用一串字元來描述一個三維化學結構,它必然要將化學結構轉化成一個生成樹,此系統採用縱向優先遍歷樹演算法。轉化時,先要去掉氫,還要把環打開。表示時,被拆掉的鍵端的原子要用數字標記,支鏈寫在小括號里。 SMILES字元串可以被大多數分子編輯軟體導入並轉換成二維圖形或分子的三維模型。轉換成二維圖形可以使用Helson的「結構圖生成演算法」(Structure Diagram Generation algorithms)。

其他著名的線性記法包括Wiswesser Line Notation (WLN),ROSDAL和SLN。最近國際純粹與應用化學聯合會推薦國際化合物標識(InChI)作為標準的分子式表達式。

然而普遍認為,SMILES與InChI相比更具有可讀性;而且很多軟體都支持SMILES,其中不少軟體都具有圖論等方面的理論基礎。

SMARTS是SMILES基礎之上的改進版。
摘自維基百科(http://zh.wikipedia.org/w/index.php?variant=zh-tw)

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