2007年1月29日 星期一

心經

觀自在菩薩。行深般若波羅蜜多時。照見五蘊皆空。度一切苦厄。
舍利子。色不異空。空不異色。色即是空。空即是色。受想行識。亦復如是。
舍利子。是諸法空相。不生不滅。不垢不淨。不增不減。是故空中無色。無受想行識。無眼耳鼻舌身意。無色身香味觸法。無眼界。乃至無意識界。無無明。亦無無明盡。乃至無老死。亦無老死盡。無苦集滅道。無智亦無得。以無所得故。菩提薩埵。
依般若波羅蜜多故。心無罣礙。無罣礙故。無有恐怖。遠離顛倒夢想。究竟涅槃。三世諸佛。依般若波羅蜜多故。得阿耨多羅三藐三菩提。
故知般若波羅蜜多。是大神咒。是大明咒。是無上咒。是無等等咒。能除一切苦。真實不虛。
故說般若波羅蜜多咒。即說咒曰。揭諦揭諦。波羅揭諦。波羅僧揭諦。菩提薩婆訶。

2007年1月26日 星期五

IUPAC命名規則

IUPAC命名規則(Nomenclature)-英
http://www.chem.qmul.ac.uk/iupac/

SMILES

SMILES(Simplified Molecular Input Line Entry Specification),簡化分子線性輸入規範,是一種用ASCII字元串明確描述分子結構的規範。

SMILES由Arthur Weininger和David Weininger於20世紀80年代晚期開發,並由其他人,尤其是日光化學信息系統有限公司(Daylight Chemical Information Systems Inc.),修改和擴展。

由於SMILES用一串字元來描述一個三維化學結構,它必然要將化學結構轉化成一個生成樹,此系統採用縱向優先遍歷樹演算法。轉化時,先要去掉氫,還要把環打開。表示時,被拆掉的鍵端的原子要用數字標記,支鏈寫在小括號里。 SMILES字元串可以被大多數分子編輯軟體導入並轉換成二維圖形或分子的三維模型。轉換成二維圖形可以使用Helson的「結構圖生成演算法」(Structure Diagram Generation algorithms)。

其他著名的線性記法包括Wiswesser Line Notation (WLN),ROSDAL和SLN。最近國際純粹與應用化學聯合會推薦國際化合物標識(InChI)作為標準的分子式表達式。

然而普遍認為,SMILES與InChI相比更具有可讀性;而且很多軟體都支持SMILES,其中不少軟體都具有圖論等方面的理論基礎。

SMARTS是SMILES基礎之上的改進版。
摘自維基百科(http://zh.wikipedia.org/w/index.php?variant=zh-tw)

2007年1月25日 星期四

Unicode vs ISO 10646

Unicode 的編碼方式與 ISO 10646 的通用字符集(Universal Character Set,UCS)概念相對應,目前實際應用的 Unicode 版本對應於 UCS-2,使用16位的編碼空間。

通用字符集(Universal Character Set,UCS)是由ISO制定的ISO 10646(或稱ISO/IEC 10646)標準所定義的字元編碼方式,採用4位元組編碼。

ISO 10646或Unicode都只是編碼標準,並不處理字形風格標準之問題。字形的風格可以透過改變顯示字體來解決。
參見維基百科(http://zh.wikipedia.org/w/index.php?variant=zh-tw)內相關條目

Unicode各版本字數

  1. unicode 1.0版提供了20,916個漢字(包括正體中文、簡體中文、日語及韓語所用的漢字)。
  2. unicode 3.0版引進的「擴展A區用字」
  3. unicode 3.1版的「擴展B區用字」
  4. unicode 4.1版的「GB 18030 與 HKSCS 增補用字」。一般電腦若不特別去裝上字體,無法看到這些字。
Windows XP & Windows Server 2003預設是 Unicode 2.0,待安裝新細明體更新套件 1.0 版(內有 Extension A 與 Extension B Surrogate package,微軟網站下載點己移除 )之後,有下列的組合:
Unicode 2.0 & Ext-A --> Unicode 3.0
Unicode 3.0 & Ext-B --> Unicode 3.1
(資料來源:microsoft.public.tw.windows)

InChI

InChI(International Chemical Identifer):
IUPAC International Chemical Identifer一種化學結構的唯一識別碼。

ChemSketch

化學結構繪圖軟體
ChemSketch V10,
有免費軟體可供下載。http://www.acdlabs.com/





免費軟體功能:
可以用InChI及SMILES表示式繪圖。
產生化學品IUPAC名稱 --50原子或3個環以上只能在完整版中作
常用模板(DNA,苯...) ,視窗內最多可顯示15個。另外可在網站上下載使用者提供的模板http://www.acdlabs.com/download/download_templates.html
可設定及使用樣式
3D結構式

不具有的功能:
ACD/Dictionary
Search for Structure in different computer files
Restricted Version of ACD/ChemFolder (SDfile Viewer)
ACD/Labs Extension for ChemDraw
ACD/ChemCoder 2D barcode capability
Technical Support
(must be installed separately)
ACD/I-Lab add-on for ACD/Labs Online
Instructions for Authors


按鍵:
spiro鍵接 SHIFT+click (兩個環狀物單點鍵接)
TAB 翻轉模板(template)

測試結果:
  • 用工具列的PDF是會列印所有pages,可是可能會有些資料無法轉出。(出現"影像資料不足"訊息)

  • 從列印功能的PDF則可選擇page。


修改日期:96.01.31

2007年1月7日 星期日

腦也有政治意識?

這篇文章告訴我們,人們不是自己以為的那麼理智。
人常常是先有結論,然後才找符合結論的資料來支持結論。

以下文章摘自科學人54,2006年8 月號,真真假假(Skeptic)專欄。
另外2007年1月科學人,有一篇"投票,跟著感覺走!"也是在談這個議題。
有興趣的人可以去找來看看。
===============================================
政治腦

近有個腦部影像研究顯示,政治傾向是「無意識確認偏頗」的產物
撰文 薛莫(Michael Shermer)

人類的判斷力一旦採納某種意見……便把其他諸事拉過來支持附和。即使有頗具份量的眾多實例傾向於相反意見,判斷力依舊對它們視若無睹或加以鄙視……如此極不好的先入之見,都是為了使先前結論之威信不致受到侵犯。 ----英國哲學家培根‧《新工具》‧1620年

……我有一些好朋友分屬兩大陣營(註[1]:美國民主及共和黨),在他們身上,我觀察到以下情形:不論討論何種議題,兩方人馬全然相信所有的證據都站在他們那邊。

……

在2004年美國總統大選白熱化期間,有30名男性接受fMRI腦部掃描(註:美國艾茉莉大學心理學家威斯頓主持,並於2006年「人格與社會心理學會」年會報告結果),其中半數自認是「堅決的」共和黨員,另一半是「堅決的」民主黨員,他們一邊接受腦部掃描,一邊聽取布希和凱利的政見,而這兩位候選人的言論顯然都自相矛盾。結果乃意料之中,共和黨員對凱利的政見多所批評,民主黨員對布希的看法亦然,但兩方都為自己支持的候選人拚命找台階下。

然而神經造影結果顯示,腦中與「講理」有關的背側前額葉皮質竟是一片寂靜,而最活躍的區域包括眼眶額葉皮質(參與情緒的處理過程)、前扣帶皮質(與解除矛盾有關)、後扣帶皮質(與評斷道德價值有關),而且一旦政見所提的結論使他們情緒舒緩,則腹側紋狀體會活躍起來,這個部份與得到報償和愉悅有關。

艾茉莉大學發送的新聞稿引述威斯頓的話:「腦中平常與講理有關的部位並未加強活化,我們反倒發現有個情緒迴路網絡亮起來,其中包括我們猜想與控制情緒有關的迴路,以及已知參與解除矛盾的迴路。」說來好玩,與特定報償行為有關的神經迴路也活化了。威斯頓說:「基本上,這就像是各黨的支持者拿著『認知萬花筒』轉一轉,轉到他們想要的結論,然後拚命強化這樣的認知,方法是消除負面的情緒狀態、活化正面的情緒。」

……

……(註:科學界糾正的方法)

……(註:法律、商業、政治糾正的方法)

懷疑的態度正是確認偏頗的解藥。


名詞中英對照[2] 背側前額葉皮質(dorsolateral prefrontal cortex) 眼眶額葉皮質(orbital frontal cortex) 前扣帶皮質(anterior cingulated cortex) 後扣帶皮質(posterior cingulated cortex) 紋狀體(striatum) 確認偏頗(confirmation bias)

[1]文內註為摘錄者所加,乃是說明背景之用,原文並無。
[2] 摘自雜誌中英名詞對照,提供有興趣者進一步尋找相關文章之用。

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2007年1月2日 星期二

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